مهترین محورهای سخنان عضو هیأت علمی موسسه آموزشی امام خمینی(ره)در مناظره با صادق زیباکلام بدین شرح است: -حوزه بزرگترین مخالفت خود با دانشگاه را اینگونه نشان داده که وقتی حوزویان حکومت را در دست گرفتند به سرعت شروع به ساختن دانشگاه کردند و یک پنجاهم آن حتی حوزه علمیه نساختند. -همین حوزویان بودند که اعضای هیئت علمی دانشگاهها را از 7 هزار نفر به بالای صد هزار نفر رساندند. -علوم حوزوی اینگونه است که بصورت تجویزی عمل میکنند و نمی تواند عملیاتی باشند و در این صورت نمی توانند وارد زندگی مردم شوند. -نه حوزه می تواند بدون فضای تجربه به فضای عملیاتی بپردازد و نه دانشگاه به صرف متغیرها می تواند مسیر خودش را جلو ببرد. -حوزه بزرگترین مخالفت خود با دانشگاه را اینگونه نشان داده که وقتی حوزویان حکومت را در دست گرفتند به سرعت شروع به ساختن دانشگاه کردند و یک پنجاهم آن حتی حوزه علمیه نساختند. -علوم دانشگاهی نیز وقتی علم به تصمیم میرسد جزمیت و اراده به دنبال آن است. -واقعا اینطور نیست که علوم حوزوی یقینی باشد در میان عامه شاید این اتفاق بیفتد حتی ممکن است در دانشگاه دانشجو با جزوه اول رنگ و بوی زندگیش عوض شود و تأثیر بگیرد.
-علم در بخش انسانی و اجتماعی به صورت بحران درونزا در حال فرو رفتن است و اگر باب ثابتها و متغییرها باز نکنیم به طور حتم این علم فرو خواهد رفت. -استقلال دانشگاه ربطی به مسایلی همچون شورای عالی انقلاب فرهنگی ندارد و حکومت به دنبال آن است که از معارضه هایی که موازین پذیرفته شده در جمهوری اسلامی را خدشه دار می کند، جلوگیری کند و اصلا نمی توان یک استاد را پیدا کرد که بگوید نظام از من خواسته که فلان ماموریت را انجام دهم در حالی که در غرب دانشمندان زیادی هستند که به سفارش حکومت، کتابهایی را نوشتند.